В августе – сентябре 1942 года фашистским войскам ценой больших потерь удалось оккупировать почти всю территорию Краснодарского края – свободными от врага оставались лишь несколько городов Причерноморья: Новороссийск, Геленджик, Туапсе, Сочи и прилегающие предгорья Кавказа. 

   За время кровавой оккупации от рук фашистов и их пособников погибли почти 56 тысяч мирных жителей Кубани и военнопленных. Страшными моментами массового террора стали расправы над воспитанниками Ейского детского дома, жителями поселка Михизеева Поляна, хутора Индия в Крымском районе, заключенными лагеря военнопленных в Краснодаре. Более 130 тысяч кубанцев в период оккупации были отправлены на тяжелые принудительные работы в страны Европы. Тяжким грузом вражеского нашествия стали разрушенные города, станицы и села Кубани, сотни разграбленных и уничтоженных заводов, фабрик, колхозов, школ, больниц. 

   Но враг не чувствовал себя спокойно – активную, непрерывную борьбу с оккупантами вели партизаны и подпольщики, которые за время своей подпольной работы уничтожили 12 тысяч солдат и офицеров противника, пустили под откос несколько десятков железнодорожных эшелонов, взорвали и сожгли 57 мостов, уничтожили более 200 вражеских автомашин, танков и броневиков.

    В начале 1943 года советские войска перешли в наступление. 21 января 9-я армия и 37-я армия освободили Отрадненский и Успенский районы, а 24 января совместными усилиями овладели Армавиром и продолжили двигаться на запад по обоим берегам р. Кубань. 28 января 9-я армия достигла Кропоткина. Действовавшая правее 58-я армия 30 января выбила немцев из Тихорецка и, развивая наступление в северо-западной части Кубани, 3 февраля вышла к Азовскому морю. В те же дни северо-восточную часть Краснодарского края освободила 44-я армия. Советские войска вышли на подступы к Краснодару, который и был освобожден 12 февраля силами 46-й и 18-й армий. Одновременно с освобождением равнинных районов Кубани войска 47-й армии вели наступление на новороссийском направлении. После месяца упорных боев Северо-Кавказскому фронту удалось 23 марта освободить Славянскую, а 24 марта – Абинскую. Особенно тяжелые бои развернулись в Крымском районе, во время прорыва немецких укреплений так называемой Голубой линии. 

   Наряду с наземными операциями в небе Кубани с 17 апреля по 7 июня 1943 года развернулось воздушное сражение. Ценой немалых потерь, противник вынужден был впервые за время войны уступить господство в воздухе советским летчикам. 52 из них получили звание Героев Советского Союза, а А.И. Покрышкин был удостоен его повторно. Завоевали в воздушных боях на Кубани своё гвардейское знамя летчицы 46-го Таманского ночного бомбардировочного авиационного полка под командованием Е.Д. Бершанской, активно участвовавшие в прорыве обороны «Голубой линии» и освобождении Новороссийска. Почётное звание досталось полку дорогой ценой - 11 «ночных ведьм» навсегда остались в кубанской земле. 

   С 10 сентября по 9 октября 1943 года войска Северо-Кавказского фронта под командованием генерала И. Е. Петрова провели Новороссийско-Таманскую операцию. Главный удар был нанесен ими по Новороссийску, который был освобожден комбинированным ударом с моря и суши 16 сентября. Затем началось преследование немецких войск, завершившееся 9 октября освобождением Таманского полуострова. Это поставило точку в боях на Кубани и во всей битве за Кавказ. 

    На территории края действовали 86 партизанских отрядов общей численностью до 6,5 тысяч человек. Они вели вооруженную борьбу с оккупантами и их пособниками, содействовали советским войскам в проведении разведки, помогали населению в оккупированных районах Кубани. 

    Основная деятельность партизан протекала в предгорьях Кавказа, где осенью 1942 года стабилизировалась линия фронта, а также в плавнях низовья реки Кубань. 3 августа вышло Постановление Государственного комитета обороны о создании Южного штаба партизанского движения при Военном Совете Северо-Кавказского фронта. Возглавил штаб первый секретарь Краснодарского крайкома ВКП(б) Пётр Ианнуарьевич Селезнёв, объединивший в своих руках управление партизанами на Кубани, в Крыму, Кабардино-Балкарии и на Ставрополье. 

    В 1942-1943 годах партизаны Кубани уничтожили 12 тысяч солдат и офицеров, пустили под откос 14 железнодорожных эшелонов, взорвали 57 мостов (из которых 20 железнодорожных), семь складов с боеприпасами, уничтожили более 200 автомашин, танков и броневиков. Родина высоко оценила боевые заслуги партизан края – орденами и медалями СССР было награждено 978 человек, а Евгений и Геннадий (Гений) Игнатовы посмертно удостоены звания Героя Советского Союза. 

   В первые месяцы войны в Краснодарском крае было подано почти 30 тысяч заявлений о желании добровольно отправиться на фронт. Наряду с людьми в вооруженные силы из народного хозяйства направлялась техника. В крае создавалось народное ополчение. К декабрю 1941 года желающих стать ополченцами насчитывалось уже 224 тысячи. Одни из них в итоге были направлены в армию, другие, не подлежащих призыву, вступили в ряды истребительных батальонов, групп противовоздушной и противохимической обороны. Бойцы истребительных батальонов приступили к охране важнейших народнохозяйственных объектов. В 1941 года в крае действовало 86 городских, районных и шесть истребительных железнодорожных батальонов, насчитывающих 14 тысяч бойцов. 

   Жители края трудились в полях, у станков, на строительстве оборонительных сооружений под лозунгом «Всё для фронта, всё для победы!». Экономика края была переведена на военные рельсы. Из 1 685 промышленных предприятий Краснодарского края 1 245 давали продукцию для фронта. Большую роль в этом сыграл Краснодарский крайком ВКП(б)-КПСС. Большую роль в поднятии морального духа кубанцев сыграл Краснодарский крайком ВКП(б)-КПСС. Многие труженики Кубани перевыполняли даже те предельные планы производства, которые существовали во время войны. В первый год войны, не смотря на большой отток механизаторов, недостаток, а часто и отсутствие тракторов, машин, запчастей, наши земляки сумели собрать урожай, превысивший довоенный уровень в два раза. В течение одного месяца после освобождения было возрождено 2 124 колхоза, 108 совхозов, 164 МТС. Жители Кубани занялись ремонтом сельхозтехники. Было восстановлено более семи тысяч тракторов, 3 600 комбайнов, 137 автомашин. За успешное выполнение плана по ремонту тракторов краю было присуждено переходящее Красное знамя Государственного Комитета Обороны. 

   Курортные города Краснодарского края, стали важным компонентом госпитальной базы Советского Союза. Особенно много раненых прошло через Сочи – 336 тысяч человек. Три четверти из них возвратились в строй благодаря медикам. 

  За проявленную в годы войны воинскую доблесть отмечены высокими государственными и наградами города и станицы Краснодарского края. Орденами Отечественной войны I степени награждены город–герой Новороссийск, города Сочи и Туапсе. Почетное звание Российской Федерации «Город воинской славы» присвоено городам Анапа и Туапсе. Города Крымск, Темрюк, Армавир отмечены почетным званием Краснодарского края «Город воинской доблести». Историческая сложившаяся местность «Пашковская переправа» в городе Краснодаре удостоена регионального почетного звания «Рубеж воинской доблести». Этим же почетным званием отмечены станицы Кущевская и Канеловская Кущевского района и станицы Шкуринская Староминского района, где в августе 1942 года на пути танковых армад противника намертво встали кавалеристы 17-го казачьего кавалерийского корпуса – будущего легендарного 4-го гвардейского Кубанского казачьего кавалерийского корпуса.