Опыт Великой Отечественной войны показал важное значение принципа концентрации сил и средств санитарно-эпидемического обеспечения в руководящих органах медслужб армий, фронтов и центра. Единое организационное и методическое руководство со стороны Главного военно-санитарного управления обеспечило успешное осуществление противоэпидемических и санитарно-гигиенических мероприятий по защите войск и населения.

В годы Великой Отечественной войны санитарная служба Кубани  выдержала трудные испытания и подтвердила правильность принятых в стране принципов противоэпидемической работы. Принцип профилактики, как основы всей противоэпидемической работы, по сохранению эпидемиологического благополучия на Кубани являлся главным в работе медицинской службы Советской Армии в годы войны, как в действующих войсках, так и в тылу.

К началу сороковых годов на Кубани действовала эффективная система здравоохранения, включающая в себя сеть санитарно-эпидемиологических станций (городских, районных), оперативно обслуживающих население и организующих всю санитарную и противоэпидемическую работу. Решающие успехи были достигнуты в борьбе с инфекционными болезнями. Наличие достаточного количества вакцин и сывороток, своевременная вакцинация населения помогли резко снизить инфекционную заболеваемость. К началу сороковых годов на Кубани ликвидирована оспа, побежден возвратный тиф, снизилась заболеваемость трахомой, кишечными инфекциями. Уменьшилась детская смертность.

Великая Отечественная война выдвинула новые задачи в области медицинской науки. Исследования того времени направлялись на повышение эффективности лечения раненых и больных, предотвращение эпидемий инфекционных болезней и санитарно-гигиенического обеспечения.
Большую роль в борьбе с эпидемиями сыграл химико-бактериологический институт, созданный  в столице Кубани в 1920 году одним из первых в стране.